L'Isola di San Pietro é ricoperta, quasi interamente, dalla verde macchia mediterranea che comprende nelle sue varietà: il mirto, il corbezzolo, il lentischio, il lillatro e l'erica. Le zone più aride e ventose sono il regno incontrastato del cisto, del rosmarino, dell'euforbia, delle ginestre spinose e delle palme nane.
Il ginepro fenicio, il ginepro macrocarpa e il pino d'aleppo formano ancora delle boscaglie e delle stupende pinete: certamente meno ricche di un tempo, ma di notevole bellezza ed estensione.
All'inizio della primavera tutta l'isola é un fiorire di fiori dai colori intensamente variegati, e dalle forme più svariate.
Di notevole interesse ed importanza botanica é l'Helicodiceros Muscivorus, ricco di un ampio e vistoso calice, meta prelibata di numerossisimi insetti.
La flora presente sull'isola é ricca di circa 500 specie diverse, tra le quali possiamo anche ricordare: l'Anagallis Monelli, il Bellium Crassifolium, una decina di specie di orchidee e l'Astragalius Marittimus.
Alcune di queste piante rappresentano un vero e proprio capolavoro di adattamento all'ambiente, certamente, non di facile realizzazione in altre realtà.
Le conseguenti modificazioni del territorio causate dalla colonizzazione dell'isola (1738), determinarono degli squilibri nel mondo animale: fino ad allora loro regno incontrastato, non sconvolto dalla presenza umana.
Dei vecchi documenti ci informano dell'esistenza sull'isola di animali ormai estinti quali: Lepri, Daini, Caprioli e Mufloni.
Sono assenti invece, invertebrati come la GirinVipera, il Tasso e l'Istrice, che troviamo normalmente sul continente.
All'estinzione ha resistito il Coniglio selvatico, la sui presenza é ancora numerosa.
Vi si trovano, naturalmente, i vertebrati presenti anche tra la fauna sarda:
come il Gongilo, il Biacco, la Lucertola e il Colubro.
Le alte falesie, gli anfratti naturali, le inacessibili scogliere, hanno creato l'habitat naturale per alcune specie avicole di grande interesse naturalistico.
Tra le specie che nidificano lungo le coste rocciose dell'isola troviamo:
il Gabbiano Corso (Larus Audounii), la Berta Maggiore, la Berta Minore, i Piccioni selvatici, i Rondoni e i Cormorani. Altre specie come il Gheppio, la Poiana, l'Astore, il raro Falco Pellegrino e il Falco della Regina, hanno fatto sì che l'isola fosse battezzata dai romani "Accipitrum insula" (Isola degli Sparvieri).
Queste colonie di falchi sono tra le più numerose del mediterraneo, osservate e sorvegliate con cura dalla locale sezione naturalistica della LIPU.
Nelle zone umide dell'isola: le saline, lo stagno di Punta Nera, lo stagno di Calavinagra, é facile osservare gli Aironi, le Avocette, le Garzette, l'ormai raro Cavaliere d'Italia, e nella sua leggiadra eleganza, il Fenicottero Rosa (Phoenicopterus Ruber).
Un altro gioiello della fauna locale -peraltro rarissimo- é la Cincidela Campestris Saphirina; é un coleottero endemico, fornito di grandi mandibole denticolate, svelto nella corsa, amante di luoghi aperti e soleggiati, di un bel colore blu-violetto, abile predatore di piccoli molluschi e crostacei.
Per chi ama le escursioni subacquee, il regno marino riserva innumerevoli e piacevolissime sorprese.
I fondali -sempre assai mutevoli e splendidi- si alternano in roccia e bianche distese di rena finissima, sono il regno incontrastato di una notevole varietà di specie: Ricci, Patelle, Spugne, Stelle di mare, Coni, Cipraee, Pisanie, Columbelle, Orecchie di mare, Cassidi, l 'Astrea Rugosa e il Tais Haemastoma.
Naturalmente non possono mancare le presenze di saraghi, orate, murene, cernie, branzini, ricciole, aragoste, cicale e splendide colonie di coralli dai colori meravigliosi.
